Z historie
V únoru roku 1989 se v Brně sešlo pět mladých lidí, tzv. disidentů, kteří se rozhodli ve smyslu nově přijatého zákona o družstevnictví z roku 1988 založit nakladatelské družstvo. K příslušným úřadům podali žádost. Předsedou budoucího družstva se stal Jan Šabata. Družstvu dali jméno Atlantis a navázali tak na tradici edice Atlantis, kterou v Brně vydával do roku 1948 soukromý nakladatel J. V. Pojer. (Za dvacet let vyšlo v této edici 76 svazků významných děl českých a světových autorů.)
V červnu roku 1989 do družstva vstoupili někteří zakázaní čeští a slovenští spisovatelé sdružení kolem strojopisného měsíčníku Obsah. Na setkání v Bzenci v létě 1989 vznikl ediční plán, sestavený z prozaických, básnických, dramatických i teoretických prací zakázaných spisovatelů. Milan Uhde byl zvolen šéfredaktorem nakladatelství. Družstevníci společně přijali za čestné členy své kolegy a přátele, kteří byli v té době vězněni za šíření nezávislé kultury. V září roku 1989 sestavili spisovatelé-družstevníci při setkání na Hrádečku prohlášení, v kterém seznámili kulturní veřejnost s úmyslem nakladatelství Atlantis vydávat knihy zakázaných autorů. Prohlášení bylo publikováno u příležitosti Frankfurtského knižního veletrhu v říjnu téhož roku. Při stejné příležitosti (1. 11. 1989) ustavila skupina evropských kulturních osobností v čele s Tomášem Kostou Spolek na podporu svobodného nakladatelského podnikání ve střední a východní Evropě. Spolek přijal jméno Atlantis, e. V.
Národní výbor města Brna zamítl žádost s vysvětlením, že město potřebuje zedníky a opraváře (5. 4. 1989). MK ČSR zamítalo žádost s odůvodněním, že „...nepředpokládá rozšíření počtu držitelů vydavatelských oprávnění vzhledem k tomu, že síť téměř čtyřiceti nakladatelských podniků v ČSR je schopna dostatečně uspokojovat čtenářské zájmy a potřeby, a také s ohledem na situaci v polygrafickém průmyslu, který dostatečně neuspokojuje ani požadavky existujících nakladatelských a vydavatelských podniků“ (22. 6. 1989, 31. 8. 1989). A 30. listopadu 1989, po „sametové revoluci“, stejné ministerstvo kultury poslalo družstvu do Brna vydavatelské oprávnění.
V roce 1993 se družstvo Atlantis transformovalo na společnost s ručením omezeným.