Autoři a překladatelé nakladatelství Atlantis získali tato ocenění:
| Nobelova cena za literaturu | 1999 | Günter Grass |
| Herderova cena | 2000 | Milan Kundera |
| Velká cena Francouzské akademie za celoživotní dílo | 2001 | Milan Kundera |
| Lipská knižní cena za evropské porozumění (Leipziger Buchpreis zur Europäischen Verständigung) | 1995 | Jan Trefulka |
| 2002 | Ludvík Kundera | |
| Cena za novelu od Francouzské akademie | 1997 | Benoît Duteurtre: Drôle de temps
(česky Divná doba ) |
| Prix Médicis | 2001 | Benoît Duteurtre: Le voyage en France
(česky Cesta do Francie ) |
| Cena Franze Kafky | 2020 | Milan Kundera |
| Státní vyznamenání ČR
Řád T. G. Masaryka |
1995 | Ladislav Feierabend , in memoriam |
| Zdeněk Rotrekl | ||
| 1996 | Viktor Fischl | |
| Dominik Pecka , in memoriam | ||
| Ludvík Vaculík | ||
| 1997 | Karel Pecka , in memoriam | |
| 1998 | Jiří Kovtun | |
| Státní vyznamenání ČR
Medaile Za zásluhy |
1995 | Miloš Forman |
| Milan Kundera | ||
| 1996 | Hana Ponická | |
| 1997 | Ivan Blatný , in memoriam | |
| 1998 | Roger Scruton | |
| 2000 | Rio Preisner | |
| Milan Uhde | ||
| 2001 | Josef Hiršal | |
| František Listopad | ||
| 2002 | Ivan Klíma | |
| František Pavlíček | ||
| 2007 | Ludvík Kundera
za zásluhy o stát v oblasti kultury a umění |
|
| 2011 | Martin Hilský
za zásluhy o stát v oblasti kultury a školství |
|
| Státní cena za literaturu | 2003 | Petr Kabeš: Těžítka, ta těžítka |
| 2007 | Milan Kundera : Nesnesitelná lehkost bytí s přihlédnutím k dosavadní prozaické a esejistické tvorbě | |
| 2008 | Ludvík Vaculík
(„za dosavadní literární a publicistickou tvorbu s přihlédnutím k bilanční próze Hodiny klavíru “) |
|
| 2009 | Zdeněk Rotrekl
(„za dosavadní literární tvorbu“) |
|
| Státní cena za překladatelské dílo | 2008 | Jiří Stromšík
(„za dosavadní činnost v oblasti překladů literárních děl“) |
| 2011 | Martin Hilský
(„za překlad úplného díla Williama Shakespeara s přihlédnutím k dosavadní překladatelské činnosti“) |
|
| 2019 | Anna Kareninová
(„za dosavadní překladatelské dílo v oblastech krásné literatury a filmu“) |
|
| Česká hlava | 2015 | Martin Hilský |
| Umělecká cena česko-německého porozumění (Kunstpreis zur deutsch-tschechischen Verständigung) | 1995 | Jan Trefulka |
| 2002 | Ludvík Kundera | |
| Cena Jaroslava Seiferta | 1994 | Milan Kundera: Nesmrtelnost |
| 1995 | Petr Kabeš: Pěší věc a jiné předpokoje | |
| 2001 | Zdeněk Rotrekl: Nezděné město. Spisy 1 | |
| 2009 | Ludvík Kundera za „celoživotní literární dílo, vydávané ve Spisech L. K. “ | |
| Cena Karla Čapka | 1998 | Jiří Kratochvil
(za Siamský příběh a Nesmrtelný příběh) |
| 2002 | Ludvík Vaculík
(„za vzácně návaznou a osobitě provokativní fejetonistickou a beletristickou tvorbu“) |
|
| Cena Egona Hostovského | 1995 | Jáchym Topol: Sestra |
| 1996 | Jiří Kratochvil: Avion | |
| Cena Toma Stopparda | 1991 | Jiří Kratochvil: Medvědí román |
| 1995 | Sergej Machonin: Příběh se závorkami. Alternativy | |
| 1998 | Jana Červenková: Kurs potápění | |
| Cena Ferdinanda Peroutky | 2010 | Ludvík Vaculík |
| Cena Ladislava Fukse | 2007 | Milan Kundera |
| 2009 | Jan Trefulka | |
| Cena Josefa Jungmanna | 1993 | Hlavní překladatelská prémie
Růžena Ostrá (Patrick Chamoiseau: Solibo Ohromný ) |
| 1994 | Překladatelská prémie
Karel Plocek (Carl Gustav Jung: Duše moderního člověka) |
|
| 1996 | Tvůrčí odměna
Ludmila Dušková (Naděžda Mandelštamová: Dvě knihy vzpomínek ) |
|
| 1998 | Tvůrčí odměna
Anna Kareninová (Louis Ferdinand Céline: Skočná ) |
|
| 2005 | Mimořádná tvůrčí odměna
Jiří Stromšík (Günter Grass: Jako rak ) |
|
| 2007 | Síň slávy
Jiří Stromšík (Günter Grass: Při loupání cibule ) |
|
| 2014 | Mimořádná tvůrčí odměna
Anna Kareninová (Ezra Pound: II] Cantos ) |
|
| Rytíř / Dáma české kultury
(čestný titul Ministerstva kultury ČR) |
2015 | Zdeněk Rotrekl |
| 2019 | Zdeněk Kalista | |
| Cena Jihomoravského kraje | 2012 | Zdeněk Rotrekl
za přínos v oblasti literatury |
| Magnesia Litera | 2003 | Litera za překladovou knihu
Anna Kareninová (Louis Ferdinand Céline: Klaun's band I, II ) |
| Cena Revolver Revue | 2017 | Anna Kareninová |
| Literární ceny Nadace českého literárního fondu | 1992 | Tvůrčí prémie
Zdeněk Rotrekl: Sněhem zaváté vinobraní |
| 1995 | Pavel Švanda: Zkušenosti. Eseje | |
| 1998 | Milan Jungmann: V obklíčení příběhů | |
| 1999 | Milan Jungmann: Literárky - můj osud | |
| Cena křepelek | 1992 | Zdeněk Rotrekl |
| 1997 | Ludvík Kundera
Pavel Švanda |
|
| Cena Karla Havlíčka Borovského za celoživotní dílo | 1999 | Zdeněk Rotrekl |
| Evropský fejeton | 2000 | Prémie
Miloš Doležal: „Kácení májky v globální vesnici“ (z knihy České feferony ) |
| Cena Jana Skácela | 2001 | Pavel Švanda: Noemův deník |
| Cena města Brna | 1999 | Jan Trefulka
(„Udělení Ceny města Brna Janu Trefulkovi je výrazem uznání a díku za jeho práci oceňovanou i daleko za hranicemi.“) |
| 2000 | Jiří Kratochvil
(„Jeho práce byly oceněny pěti prestižními literárními cenami včetně Ceny Jaroslava Seiferta za rok 1999. K nim nyní město Brno jako výraz uznání připojuje Cenu města Brna.“) |
|
| 2001 | Pavel Švanda
(„Cena města Brna je oceněním jak jeho literárního díla, tak i pevných občanských postojů.“) |
|
| 2002 | Zdeněk Rotrekl
(„Udělení Ceny města Brna Zdeňku Rotreklovi je oceněním díla osobnosti, která svou tvorbou i příkladem svého života proslavila naše město doma i za hranicemi.“) |
|
| 2004 | Milan Kundera
(„Svým dílem se Milan Kundera zařadil k nejvýznamnějším světovým spisovatelům konce 20. století... tvoří nezastupitelnou složku naší kultury.“) |
|
| 2013 | Milan Suchomel
(„Ocenění náleží profesoru Suchomelovi z mnoha důvodů: za dlouholetou činnost na poli literární vědy a kritiky, za jeho srostlost s brněnskou bohemistikou, jejíž je dlouhodobě respektovanou osobností, za zájem o spisovatele Brna, jakož i za jeho dlouholetou pedagogickou činnost“) |
|
| Cena města Havlíčkova Brodu | 1996 | Hlavní cena nakladatelství Atlantis „za šíři edičního záměru a za kvalitu“ |
| Ceny Společnosti pro vědy a umění Praha | 2006 | Zdeněk Rotrekl |
| 2008 | Milan Uhde | |
| 2009 | Miloš Forman | |
| 2010 | Ludvík Kundera | |
| 2019 | Milan Kundera | |
| Prix Nocturne | 2011 | Ludvík Vaculík: Morčata |
| Řád akademických palem (hodnost rytíře)
francouzské státní vyznamenání |
2019 | Růžena Ostrá |